امکان حذف فرآیند آغاز شده تا قبل از مرحله تایید نهایی برای متقاضی وجود دارد برای اینکار با مراجعه به پیشخوان اینترنتی سامانه یکپارچه کارت بازرگانی هوشمند پس از وارد کردن شماره کارت و کلمه عبور از منوی عملیات کارت گزینه حذف را انتخاب کرده؛ پس از تایید نهایی و ارسال پرونده به اتاق بازرگانی، صنایع، معادن و کشاورزی مربوطه باید جهت حذف فرآیند به کارشناس اتاق مراجعه نماید.